Hasil daripada siasatan dan sumber rujukan lisan dan tulisan, didapati bahawa kampung ini mula diterokai di sekitar tahun 1940-an (zaman sebelum merdeka). Beberapa orang penting yang terlibat dalam penubuhan kampung ini ialah :
Allahyarham Sukardi Salleh
Allahyarham Yusuf Nurudin
Allahyarham Karamin Nurudin
Allahyarhamah Minah Nurudin
Allahyarham Rubin
Allahyarham Rijal Lingkidon
Allahyarham Salihin
Allahyarhamah Diyah Lumpukan
Allahyarham Owir Bogog
Allahyarham Samidin Kambaling
Kebanyakan daripada golongan pengasas ini berasal daripada kampung Sosondoton (sebuah perkampungan lama yang masih wujud – letaknya beberapa kilometer selepas kampung Bundu Tuhan, Ranau) dan mereka ini mempunyai pertalian keluarga / sahabat yang rapat. Mereka inilah yang telah menjadi penduduk generasi pertama di kampung ini.
Sebelum dinamakan Paka Dua, kampung ini amat dikenali pada waktu itu dengan nama KIPALIU / KIPALUU. KIPALIU / KIPALUU dalam bahasa dusun bermaksud ”ada anak sungai” kerana didapati di sini terdapat dua anak sungai yang masih wujud dan masih boleh digunakan tetapi agak ganjil kerana tidak dapat dipastikan dari mana punca airnya kerana ia tidak bersambung dengan mana-mana sungai. Hanya dipercayai berpunca daripada kuasa mata air. Nama KIPALIU ini hanya digunakan di sekitar tahun 1940-an, ketika di awal tahun pembukaannya.
Selepas USNO (1963 – selepas merdeka) memegang tapuk pemerintahan negeri Sabah, nama KIPALIU telah ditukar kepada nama PAKA DUA dan telah didaftarkan sebagai nama rasminya. Nama ini dipilih kerana kebetulan suatu ketika dulu kampung ini dipenuhi dengan tumbuhan lalang atau ”PAKA” dalam bahasa Dusun. Oleh itu, nama PAKA diambil dan DUA adalah merujuk kepada terdapatnya dua anak sungai di sini menjadikannya PAKA DUA. Bagaimanapun, ada fakta tidak rasmi mengatakan PAKA DUA adalah kesinambungan daripada wujudnya KAMPUNG PAKA SATU yang letaknya berhampiran dengan Kampung Kibbas, Ranau.
Semua aktiviti pembangunan di KAMPUNG PAKA DUA ini adalah di bawah pentadbiran JKKK dan Ketua Kampung yang dilantik. Jawatan Ketua Kampung telah diamanahkan kepada 3 orang yang dipilih iaitu Allahyarham Nurudin (K.K Pertama), Allahyarham Sukardi Salleh (K.K Kedua) dan tugas ini diserahkan kepada En. Mutalib Janan pada tahun 1996 hingga ke hari ini. Manakala Pengerusi JKKK untuk sessi yang terbaru ialah En. Mohd. Said Abdul Rahman.
Begitulah serba sedikit pengenalan dan sejarah Kampung Paka Dua. Bak kata orang ”bulat air kerana pembentung, bulat manusia kerana muafakat”. Kampung Paka Dua yang asalnya hanya sebuah kampung yang kecil telah berkembang mengikut arus semasa hasil daripada keazaman, muafakat dan silaturrahim yang ditunjukkan oleh seluruh penduduknya.
